A Superman-TAS alapján 2006-ban készült filmben egy meteor száguld a Föld felé, ami hamarosan be is csapódik Metropolisban - egy LexCorp-telepen. Brainiac érkezett a bolygóra, hogy ismét megpróbálja magába szívni a világ minden tudását, mielőtt elpusztítaná. Természetesen Superman azonnal a helyszínre siet és összecsap egyik legrégebbi ellenfelével - és sikerül legyőznie. Brainiac robotteste darabokra robban - ám a szintén rövidesen felbukkanó Lex Luthor észrevesz egy még működőképes áramköri panelt a földön, amit gyorsan zsebre vág. Később, egy titkos laboratóriumban, Luthor egyezséget köt Brainiackel; utóbbi végez Supermannel, előbbi pedig a Föld urává válik. A szövetséget egy új, rendkívül fejlett robottesttel szentesítik, amivel Brainiac képes megtalálni Supermant akkor is, amikor az "civilben" van.
Clark Kent ezalatt megpróbálja elmondani Loisnak az iránta táplált érzéseit, ám halálos ellensége éppen akkor fedezi fel az egyik elegáns étteremben ülő párt, amikor a férfi elárulná valódi személyazonosságát. A támadás során Lois súlyosan megsérül, így Superman elé több feladat is hárul: meg kell semmisítenie a mindennél erősebb Brainiacet és gyógymódot kell találnia Lois állapotára, mielőtt túl késő lenne.