Gandahar egy olyan utópisztikus világ, ami egy genetikai kísérletezés eredménye: itt béke van, minden nyugodt és gyönyörű. Ezt az idillt egy titokzatos gonosz erő érkezése zúzza semmissé. A Nők Tanácsa ülést tart és úgy döntenek, Ambisextra királynő fiát, Sylvaint fogják elküldeni, hogy elpusztítsa az ellenséget. A fiú a kalandvágyó, de gyönyörűszép Arielle oldalán útra is kel, hogy utánajárjanak, mit tehetnek. Utazásuk során találkoznak világuk agyának, a Metamorphosis által létrehozott hadsereggel, illetve többet megtudnak arról, mi is valójában Gandahar.