Tom, a nagyjából 12 éves parasztfiú szegényes körülmények között éldegél a falu szélén kettesben anyjával. Kicsit butuska, de tele van életkedvvel. Egy nap barátjával, egy beszélő és rendkívül okos kutyával, Crosby-val bemegy a faluba, hogy eladja az utolsó tehenet. Útközben találkozik egy különös
emberrel, aki egy varázsorgonán játszik és cserébe a tehénért egy maroknyi varázsbabot ajánl neki. Tom elveszi a babokat és hazaérve anyja csúnyán lehordja. Kidobja a számára értéktelennek tűnő babokat az ablakon. Éjszaka elkezdenek nőni a varázsbabok egészen az égig. Egy kis egérke csúszik le a babokról, és segítséget kér Tom-tól és Crosby-tól.
Felmászva a felhő királyságban találják magukat, ahol a gonosz boszorkány, Madame Noir és a hatalmas szörny fia, Tulpe akarják magukhoz ragadni a hatalmat, valamint egy házasság készülődik Tulpe és a megölt szülei óta elvarázsolt tündérhercegnő, Margareta között, aki az utolsó túlélője a
tündérkirályságnak. A csúnya boszorka, akit az éjszaka királynőjeként is ismernek, ki akarja sajátítani a tündérkirályságot, méghozzá azzal, hogy összeadja a buta, túlzabált, szörnyszülött fiát a királyi család egyetlen tagjához. Titokban egyeduralomra akar törni, úgy, hogy a házasság megkötése után megöli mindkettejüket. Tom jó szíve nem hagyhatja annyiban ezt, így mindent megtesz annak érdekében, hogy mindezt megakadályozza és a tündérhercegnőt megmentse.