Történetünk az űrben kezdődik, ahová Asukát az újjáépített Unit-02-vel és Marit a Unit-08-cal azért küldik, hogy visszaszerezzék a föld körül keringő koporsóba zárt Unit-01-et. Ám a művelet nem megy épp simán. A Nemesis széria, a Seele által létrehozott mesterséges Angyalok megtámadják őket. Ellenfelük leküzdése után Asuka sikeresen visszatér az alvó Unit-01-gyel.
Visszahozatala után a Unit-01 magjában sikeresen megtalálják Shinjit és visszahozzák fizikai formájába. A fizikai vizsgálatok után azonban Shinji hideg fogadtatásban részesül. Minden és mindenki, akit valaha ismert, megváltozott és elég ellenséges vele szemben. Shinji ezután tudja csak meg a megrázó igazságot, miszerint 14 év telt el azóta, hogy ő és Rei az EVA Unit-01-ben ragadtak. Azonban Rei nincs sehol...