2131-ben járunk, vége a 3. világháborúnak, a föld a megsemmisülés szélén jár. Deunan Knute a legendás, fiatal harcos és egykori társa, a háború során végzetes sérüléseket szenvedő és cyborggá operált Briareos a génmanipulációval fejlesztett Bioroidok által uralt Olympos városába érkeznek. A Bioroidoknak sokkal rövidebb élet adatik meg mint az embereknek, mivel génmanipulációval elnyomták bennük a szaporodás ösztönét. Az emberek többsége fél és retteg a Bioroidoktól, így amikor a Bioroidok életciklusának meghosszabításán dolgozó központ megsemmisül egy terrorista támadástól, kitör a háború. Deunan és Briareos csatlakoznak Olympos rendfenntartóihoz és szembeszállnak a Bioroidok fenyegetésével. Ekkor bukkan fel a legendás "Appleseed kód".