Két valóság létezik. Az egyik mindennapi életünk - a másik az, ami mögötte van. Az egyik álom. A másik a mátrix. Neo kétségbeesetten kutatja az igazságot a mátrixról. Erről a titokzatos és ismeretlen valamiről. Neo csak mendemondákból hallott - de biztos benne, hogy ez az elképzelhetetlen dolog rosszindulatú, és titokban irányítja az életét. Neo úgy véli, Morpheus, ez a legendák övezte férfi, akit a világ legveszélyesebb emberének tartanak, megmutatja neki az igazságot.

Egy éjszaka Neo találkozik egy gyönyörű ismeretlennel, Trinityvel, aki elvezeti őt egy másik világba, ahol Neo találkozik Morpheusszal és személyesen megtapasztalja az igazságot a mátrixról. Neónak egy kérdésre is választ kell találnia, amely ugyanolyan mellbevágó, mint az első. Vajon ő a kiválasztott? Még mielőtt felfoghatná, miről van szó, Neo biztos abban, hogy a kérdésre nem a válasz. Mások, mint Morpheus társa, Cypher egyetértenek. Ám akadnak olyanok is, akik nem egészen biztosak ebben.

A mátrixnak védelmezői is vannak. Vezetőjük a könyörtelen és szó szerint fékezhetetlen Smith ügynök. A mátrix őreinek módszerei egyszerre ámulatba ejtőek és rémisztőek. Neo, Morpheus és Trinity élethalálharcot folytat a mátrix gonosz és szinte legyőzhetetlen őrei ellen, hogy választ találjanak kérdéseikre, ráeszméljenek valódi erejükre, és megismerjék sorsukat. Minden mozdulat, minden másodperc, minden gondolat döntő jelentőségre tesz szert, ha ki akarnak szabadulni a mátrix rabságából, és elpusztítani mindazt, amit képvisel.