A Klónok háborúja egy olyan Jedi történetét meséli el, aki egy genetikailag tervezett klón hadsereggel próbál megküzdni az aljas szeparatistákkal, és egy végeláthatalan droid sereggel, hogy megvédjék a jövőt és visszaállítsák a békét a galaxisukban. A sorozat a Galaktikus Köztársaság és a Független Rendszerek Konföderációja közti számtalan konfliktussal foglalkozik. Mindkét felet titokban Palpatine főkancellár és titkos alteregója, Darth Sidious irányítja, akinek fő célja, hogy megszerezze Anakin Skywalker Jedi lovagot következő Sith tanítványának.