A sorozatban a négy pingvin, a Kapitány, Kowalski, a Közlegény és Rico kalandjait követhetjük nyomon akik különböző félkatonai módszerekkel védik meg otthonukat a Central Park-i állatkertet. A pingvinek megküzdenek olyan problémákkal is amit Julien király, Maurice és Mort tovább súlyosbít. A epizódok nyitójelenetében láthatóak a pingvinek amint felnyitnak egy ládát amire egy "Madagascar" felirat van, miután ezt felnyitják látható lesz a 3 maki karakter. A 0. rész a karácsonyi küldetés!