2018-ban járunk. Nathan Bridger, a SeaQuest tengeralattjáró kapitánya, maga tervezte a speciális, 1000 láb hosszú gépezetet, és csapata segítségével a tenger alatti világot igyekszik felfedezni. Az emberiség a tenger alatti világot meghódította. Kifejleszttették a víz alatti farmgazdálkodást, nyersanyag-kitermelést és feldolgozást. A SeaQuest tengeralttjáró feladata tenger alatti kolóniák kialakítása és védelme, új lehetséges lakóhelyek felfedezése.