A történet a szokásos alapokon nyugszik és (a sci-fi betéteket leszámítva) nem sokban tér el a regénytől, valamint a korábbi filmfeldolgozásoktól. Jim Hawkins és anyja nyugodtan él Szicília Selinunte nevű városától nem messze egy sugár-fertőzött űrrepülőtér közelében, míg egy nap furcsa idegen költözik hozzájuk. Billy Bones-ról azonban hamarosan kiderül, hogy a híres kalózkapitány Flint hajójának, a Hispaniolának kormányosa. Bones kormányos hamarosan kellemetlen látogatókat kap a vak Pew és a fekete bőrű Black Dog személyében. Az egyik találkozásnál az amúgy is súlyos beteg kormányos súlyos sebet szenved. Livesy doktor a család barátja már nem tud rajta segíteni. Miután a kormányos elhalálozik kalózok támadják meg a Jimmék házát, de a fiú és az anyja szerencsésen el tudnak rejtőzni. A bujkálás során Jim megtalálja a kormányos holmija között azt a térképet amely a Flint kapitány által elrabolt kincseket rejti.